非晶合金變壓器的安全運行和使用壽命，很大程度上取決于非晶合金變壓器繞組絕緣的安全可靠。繞組溫度超過絕緣耐受溫度使絕緣破壞，是導致非晶合金變壓器不能正常工作的主要原因之一，因此對非晶合金變壓器的運行溫度的監測及其報警控制是十分重要的。
防護方式
根據使用環境特征及防護要求，非晶合金變壓器可選擇不同的外殼。通常選用IP23防護外殼，可防止直徑大于12mm的固體異物及鼠、蛇、貓、雀等小動物進入，造成短路停電等惡性故障，為帶電部分提供安全屏障。若須將非晶合金變壓器安裝在戶外，則可選用IP23防護外殼，除上述IP20防護功能外，更可防止與垂直線成60°角以內的水滴入。但IP23外殼會使非晶合金變壓器冷卻能力下降，選用時要注意其運行容量的降低。
冷卻方式
非晶合金變壓器冷卻方式分為自然空氣冷卻(AN)和強迫空氣冷卻(AF)。自然空冷時，非晶合金變壓器可在額定容量下長期連續運行。強迫風冷時，非晶合金變壓器輸出容量可提高50%。適用于斷續過負荷運行，或應急事故過負荷運行新能源電動汽車;由于過負荷時負載損耗和阻抗電壓增幅較大，處于非經濟運行狀態，故不應使其處于長時間連續過負荷運行。
